A história do Município de Rio Claro apresenta curiosas particularidades , que incluem a absorção de um município vizinho, o de São João Marcos, e a troca de nomes , pois, durante algum tempo se chamou Itaverá.
Sua origem está ligada ao desbravamento, pelo bandeirante Paulista Simão da Cunha Gago que denominou a região de Campo Alegre da Paraíba Nova, atual Resende. Na localidade, João Machado Pereira, em 1733, construiu sua fazenda e ,em 1739, ergueu uma capela destinada ao culto de São João Marcos. A povoação, desde 1755, era freguesia. Em fins do século XVIII, edificou-se a igreja, em torno da qual se congregou o núcleo populacional, que passou a se chamar São João do Príncipe.
Os dois municípios prosseguiram em desenvolvimento paralelo. São João do Príncipe chegou a ser uma das cidades mais prósperas do interior fluminense, que refletiu nas suas construções, de grande valor arquitetônico. A introdução da cultura do café acelerou consideravelmente o progresso da região, em especial, de Rio Claro. A abolição da escravatura e o deslocamento da cultura do café paras as terras de São Paulo abalaram a economia da zona cafeeira fluminense, sobretudo daqueles que não puderam fazer uma transição rápida para outras culturas. Em Rio Claro, as fazendas de café se transformaram em pastagens para criação de gado leiteiro, mas São Marcos, pouco a pouco foi entrando em decadência, situação agravada pelos novos traçados dos sistemas rodoviário e ferroviário, entre o Rio de Janeiro e o interior fluminense.
Em 1938, São João Marcos foi incorporado ao município de Rio Claro.
Entre 1943 e 1956, Rio Claro teve sua denominação alterada para Itaverá. Em 1944, a Vila do Parado, ex- Santo Antônio do Capivari, passou a chamar-se Lídice.